Volume 12, Number 2—February 2006
Dispatch
Sequencing and Staphylococci Identification
Alexander Mellmann*
, Karsten Becker*, Christof von Eiff*, Ursula Keckevoet*, Peter Schumann†, and Dag Harmsen*
, Karsten Becker*, Christof von Eiff*, Ursula Keckevoet*, Peter Schumann†, and Dag Harmsen*Table 2
Identification of 55 clinical staphylococcal isolates by using RNA polymerase B (rpoB) gene sequencing
| Strain | rpoB gene (% similarity*) | Definitive identification† |
|---|---|---|
| M01 | Staphylococcus arlettae (100.0) | S. arlettae |
| M02 | S. aureus subsp. aureus (100.0) | S. aureus subsp. aureus |
| M03 | S. aureus subsp. aureus (100.0) | S. aureus subsp. aureus |
| M04 | S. aureus subsp. aureus (99.8) | S. aureus subsp. aureus |
| M05‡ | S. aureus subsp. aureus (99.8) | S. aureus subsp. aureus |
| M06 | S. aureus subsp. aureus (100.0) | S. aureus subsp. aureus |
| M07‡ | S. aureus subsp. aureus (100.0) | S. aureus subsp. aureus |
| M08 | S. haemolyticus (94.0) | S. haemolyticus |
| M09 | S. epidermidis (100.0) | S. epidermidis |
| M10 | S. capitis subsp. capitis (100.0) | S. capitis subsp. capitis |
| M11 | S. epidermidis (100.0) | S. epidermidis |
| M12‡ | S. epidermidis (100.0) | S. epidermidis |
| M13‡ | S. capitis subsp. capitis (99.8) | S. capitis subsp. capitis |
| M14 | S. caprae (99.8) | S. caprae |
| M15 | S. caprae (99.8) | S. caprae |
| M16 | S. chromogenes (100.0) | S. chromogenes |
| M17 | S. cohnii subsp. cohnii (99.8) | S. cohnii subsp. cohnii |
| M18 | S. cohnii subsp. cohnii (99.8) | S. cohnii subsp. cohnii |
| M20 | S. saprophyticus subsp. saprophyticus (100.0) | S. saprophyticus subsp. bovis |
| M21 | S. epidermidis (99.0) | S. epidermidis |
| M22 | S. epidermidis (100.0) | S. epidermidis |
| M23‡ | S. epidermidis (100.0) | S. epidermidis |
| M24 | S. epidermidis (100.0) | S. epidermidis |
| M25‡ | S. epidermidis (100.0) | S. epidermidis |
| M26 | S. equorum subsp. equorum (100.0); S. equorum subsp. linens (100.0) | S. equorum; subspecies not known |
| M27 | S. felis (99.8) | S. felis |
| M28 | S. haemolyticus (100.0) | S. haemolyticus |
| M29 | S. haemolyticus (99.8) | S. haemolyticus |
| M30 | S. epidermidis (100.0) | S. epidermidis |
| M31 | S. epidermidis (100.0) | S. epidermidis |
| M32 | S. hyicus (100.0) | S. hyicus |
| M33 | S. intermedius (100.0) | S. intermedius |
| M34 | S. intermedius (100.0) | S. intermedius |
| M35 | S. intermedius (100.0) | S. intermedius |
| M36 | S. xylosus (100.0) | S. xylosus |
| M37 | S. lugdunensis (100.0) | S. lugdunensis |
| M38 | S. lugdunensis (100.0) | S. lugdunensis |
| M39 | S. saprophyticus subsp. saprophyticus (100.0) | S. saprophyticus subsp. bovis |
| M40 | S. aureus subsp. aureus (100.0) | S. aureus subsp. aureus |
| M41 | S. schleiferi subsp. schleiferi (100.0) | S. schleiferi subsp. schleiferi |
| M42 | S. schleiferi subsp. schleiferi (100.0) | S. schleiferi subsp. schleiferi |
| M43 | S. sciuri subsp. sciuri (99.8) | S. sciuri subsp. sciuri |
| M44 | S. sciuri subsp. sciuri (99.8) | S. sciuri subsp. sciuri |
| M45 | S. sciuri subsp. sciuri (100.0) | S. sciuri subsp. sciuri |
| M46 | S. simulans (100.0) | S. simulans |
| M47 | S. hominis subsp. novobiosepticus (99.6) | S. hominis subsp. novobiosepticus |
| M48 | S. felis (99.8) | S. felis |
| M49 | S. felis (99.8) | S. felis |
| M50 | S. warneri (95.9) | S. warneri |
| M51 | S. warneri (95.3) | S. warneri |
| M52 | S. warneri (96.0) | S. warneri |
| M53 | S. equorum subsp. equorum (99.8); S. equorum subsp. linens (99.8) | S. equorum; subspecies not known |
| M54 | S. xylosus (99.0) | S. xylosus |
| M55 | S. xylosus (97.1) | S. xylosus |
| M56 | S. xylosus (98.6) | S. xylosus |
*Similarity in comparison with the reference database.
†By phenotypic and genotypic methods as previously published (4).
‡Isolate exhibiting the small colony variant phenotype.
