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Volume 17, Number 5—May 2011

Research

Evolution of New Genotype of West Nile Virus in North America

Allison R. McMullen, Fiona J. May, Li Li, Hilda Guzman, Rudy Bueno, James A. Dennett, Robert B. Tesh, and Alan D.T. BarrettComments to Author 
Author affiliations: Author affiliations: University of Texas Medical Branch, Galveston, Texas, USA (A.R. McMullen, F.J. May, L. Li, H. Guzman, R.B. Tesh, A.D.T. Barrett); Harris County Public Health and Environmental Services, Houston, Texas, USA (R. Bueno, Jr., J.A. Dennett)

Main Article

Table A1

Deduced amino acid substitutions for West Nile virus isolates, Upper Texas Gulf Coast, USA*

Gene Position 1999
2005
2006
2007
2008
2009
NY99 M12214 TX5058 TX5810 M6019 TX6276 TX6647 TX6747 M19433 TX7191 TX7558 M37012 M37906 TX7827 M38488 M20140 M20141 M20122
C
39* D · · · N · · · · · · · · · · · · ·
109
T

·
·

·
·
·

·
·
·
·

·

·
·
·
·
I
I
·
PrM/M
88 R · · · K · · · · · · · · · · · · ·
122 V · · · · · I · · · · · · · · · · ·
140 V · · · · · · I · · · · · · · · · ·
156
V

·
·

·
·
·

·
·
·
·

·

·
·
I
·
·
·
·
E
49 E · · · · K · · · · · · · · · · · ·
70 T · · · · · · · · · · · I · I · · ·
159 V A A A A A A A A A A A A A A A A A
431 V · · · · · · · · · · · · · · · · F
460 I · · · · M · · · · · L L · L L L L
475
N

·
·

·
S
·

·
·
·
·

·

·
·
·
·
·
·
·
NS2A
90 M · · · · · V · · · · · · V · · · ·
98 R · · G G · · · · · · · · · · · · ·
118 Y · · · · · · · · · · · · · · · · H
124 I V · · · · · · · · · · · · · · · ·
137 A · · · · · · · · · · · · · · V V ·
224
A

V
·

·
·
·

·
·
·
·

·

·
·
·
·
·
·
·
NS2B
41 A · · · · · · · · · V · · · · · · ·
99
M

·
·

·
·
·

·
·
·
T

·

·
·
·
·
·
·
·
NS3
106 V · · · · · · · · · · · · · A · · ·
160 S · · · · · · · A · · · · · · · · ·
162 I · · · · · · · · M · · · · · · · ·
213 I · · · · · · · · · · · · · M · · ·
355 Y · · · · · · · · · · · · H · · · ·
365 S G · · · · · · · · · · · · · · ·
486 F · L · · · · · · · · · · · · · · ·
562
R

·
·

·
·
·

K
·
·
·

·

·
·
·
·
·
·
·
NS4A
65 M · · · · · · T · · · · · · · · · ·
85
A

T
·

·
·
·

T
·
T
·

T

·
·
·
·
·
·
·
NS4B
33 L · · · F · · · · · · · · · · · · ·
116 T · · · · · · A · · · · · · · · · ·
176 I · · · · V · · · · · · · · · · · ·
240
I

·
·

M
M
M

·
·
·
·

·

M
M
·
M
M
M
M
NS5 21 K · · · · · R · · · · · · · · · · ·
91 M · · · · · · · V · · · · · · · · ·
314 K · · · · · · · R · · · · · · · · ·
395 M · · · · · · · · · · · I · · · · ·
422 R · K · · · · · · · · · · · · · · ·
640 L · · P · · · · · · · · · · · · · ·
661 S · · T · · · · · · · · · · · · · ·
860 A · · · · · · · · T · · · · · · · ·

*C, capsid; PrM/M, premembrane/membrane; E, envelope, NS nonstructural. Dot indicates no change from NY99 isolate.

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