Skip directly to search Skip directly to A to Z list Skip directly to page options Skip directly to site content

Volume 17, Number 5—May 2011

Research

Evolution of New Genotype of West Nile Virus in North America

Allison R. McMullen, Fiona J. May, Li Li, Hilda Guzman, Rudy Bueno, James A. Dennett, Robert B. Tesh, and Alan D.T. BarrettComments to Author 
Author affiliations: Author affiliations: University of Texas Medical Branch, Galveston, Texas, USA (A.R. McMullen, F.J. May, L. Li, H. Guzman, R.B. Tesh, A.D.T. Barrett); Harris County Public Health and Environmental Services, Houston, Texas, USA (R. Bueno, Jr., J.A. Dennett)

Main Article

Table A2

Genotype nucleotide changes in SW/WN03 isolate of West Nile virus, Upper Texas Gulf Coast, USA*

Strain
State
Year
Group
E
NS1
NS3
NS4A
NS4B
NS5
3′ UTR
1320
1974
3399
6238
6721†
6765
6936
7269
8550
8621‡
9264
9660
10062
NY99 NY 1999 A C U C G U U U C A U C U
CO 2003–2 CO 2003 1 · · · A · · C · · C · ·
HM488201 NY 2007 · · · U A · · C · · C · ·
M12214 TX 2005 2 · · · U A · · · U · C U ·
BSL2–05 SD 2005 · · · U A · · · U · C U ·
TX 6647 TX 2007 · · · U A · · · U · C U ·
TX 7558 TX 2008 · · · U A · · · U · C U ·
HM488191 IL 2004 3 G · · U A · · · U G C U ·
04–237NM NM 2004 G · · U A · · · U G C U ·
04–236NM NM 2004 G · · U A · · · U G C U ·
HM488198 IL 2005 G · · U A · · · U G C U ·
HM756675 NY 2005 G · · U A · · · U G C U ·
HM488239 NY 2008 G · · U A · · · U G C U ·
TVP9117 MEX 2003 4 G · · · A · · · U G · U ·
TVP9223 MEX 2003 G · · U A · · · U G · U ·
TVP9115 MEX 2003 G · · U A · · · U G · U ·
TVP9222 MEX 2003 G · · U A · · · U G · U ·
TVP9218 MEX 2003 G · · U A · · · U G · U ·
TVP9220 MEX 2003 G · · U A · · · U G · U ·
TVP9219 MEX 2003 G · · U A · · · U G · U ·
TVP9221 MEX 2003 G · · U A · · · U G · U ·
AZ-03–1623 AZ 2003 5 G U C U A C C C U G C U C
AZ-03 03–1799 AZ 2003 G U C U A C C C U G C U C
AZ-03–1681 AZ 2003 G U C U A C C C U G C U C
BSL5–04 AZ 2004 G U C U A C C C U G C U C
04–252AZ AZ 2004 G U C U A C C C U G C U C
04–251AZ AZ 2004 G U C U A C C C U G C U C
AZ2004 AZ 2004 G U C U A C C C U G C U C
04–216CO CO 2004 G U C U A C C C U G C U C
04–219CO CO 2004 G U C U A C C C U G C U C
BSL13–05 AZ 2005 G U C U A C C C U G C U C
142WG-AZ05PI AZ 2005 G U C U A C C C U G C U C
132WG-CA05LA CA 2005 G U C U A C C C U G C · C
HM756677 NM 2005 G U C U A C C C U G C U C
009WG-NM05LC NM 2005 G U C U A C C C U G C U C
GCTX1–2005 TX 2005 G U C U A C C C U G · · C
007WG-TX05EP TX 2005 G U C U A C C C U G C U C
144WG-AZ06PI AZ 2006 G U C U A C · C U G C U C
011WG-TX06EP TX 2006 G U C U A C C C U G C U C
194WG-CA07LA CA 2007 G U C U A C C C U G C U C
013WG-TX07EP TX 2007 G U C U A C C C U G C U C
M19433 TX 2007 G U C U A C C C U G C U C
JPW080814–01 CA 2008 G U C U A C C C U G C U C

*E, envelope; NS, nonstructural; UTR, untranslated region; NY, New York; CO, Colorado; TX, Texas; SD, South Dakota; IL, Illinois, NM, New Mexico; MEX, Mexico, AZ, Arizona; CA, California. Dots indicate no change from NY99 isolate. Isolates in boldface were sequenced in this study.
†NS4A-A85T.
‡NS5-K314R.
§Nucleotide changes compared with NY99 isolate.

Main Article

TOP