Volume 19, Number 9—September 2013
Research
Continued Evolution of West Nile Virus, Houston, Texas, USA, 2002–2012
Brian R. Mann1, Allison R. McMullen1, Daniele M. Swetnam, Vence Salvato, Martin Reyna, Hilda Guzman, Rudy Bueno, James A. Dennett, Robert B. Tesh, and Alan D.T. Barrett
Table 2
Conserved amino acid substitutions in West Nile virus isolates, Harris County, Texas, USA, 2002–2012*
| C | prM | E | NS1 | NS2A | NS2B | NS3 | NS4A | NS4B | NS5 | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 104 |
156 |
159 |
460 |
236 |
52 |
90 |
95 |
188 |
120 |
180 |
334 |
85 |
14 |
24 |
240 |
49 |
314 |
|||
| NY99 |
1999 |
K |
V |
V |
I |
I |
T |
M |
L |
R |
V |
E |
S |
A |
S |
K |
I |
V |
K |
|
| 1 | TX114 | 2002 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| TX1153 | 2003 | · | I | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| 2 | v4369 | 2003 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| 3 | TX1175 | 2003 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| 4 | M37906 | 2009 | · | · | A | L | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · |
| M38488 | 2009 | · | · | A | L | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · | |
| M20140 | 2009 | · | · | A | L | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · | |
| 5 | TX7558 | 2008 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · |
| TX6647 | 2007 | · | · | A | · | · | · | V | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | |
| TX8349 | 2011 | · | · | A | · | · | · | · | F | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | |
| M19433 | 2007 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | M | · | R | |
| 6 | TX 2002 1 | 2002 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · |
| TX5810 | 2006 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · | |
| 7 | TX7827 | 2009 | · | I | A | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| TX8092 | 2010 | · | · | A | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| 8 | TX1461 | 2003 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | D | · | · | · | · | · | · | · |
| TX8599 | 2012 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | D | · | · | · | · | · | · | · | |
| 9 | TX8559 | 2012 | · | · | A | · | · | I | · | F | · | · | · | T | · | I | · | · | · | · |
| 10 | TX6276 | 2006 | · | · | A | M | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · |
| TX8589 | 2012 | · | · | A | · | · | · | · | · | K | · | · | · | · | · | · | M | · | · | |
| TX8590 | 2012 | R | · | A | · | V | · | · | · | K | I | · | · | · | · | · | · | I | · | |
| TX8551 | 2012 | R | · | A | · | V | · | · | · | K | I | · | · | · | · | R | · | I | · | |
*G, group; C, capsid; prM, premembrane; E, envelope; NS, nonstructural. Amino acid changes are relative to the prototype NY99 strain AF196836. Substitutions characteristic of defined NA/WN02 and SW/WN03 genotypes are indicated in boldface. Dots indicate no change from the NY99 isolate.
†Indicated substitutions conserved in >1 representative isolate for each of the proposed phylogenetic groups (see Figure 1).
1These authors contributed equally to this article.
Page created: August 20, 2013
Page updated: August 20, 2013
Page reviewed: August 20, 2013
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