Volume 19, Number 9—September 2013
Research
Continued Evolution of West Nile Virus, Houston, Texas, USA, 2002–2012
Table 2
Conserved amino acid substitutions in West Nile virus isolates, Harris County, Texas, USA, 2002–2012*
C | prM | E | NS1 | NS2A | NS2B | NS3 | NS4A | NS4B | NS5 | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
104 |
156 |
159 |
460 |
236 |
52 |
90 |
95 |
188 |
120 |
180 |
334 |
85 |
14 |
24 |
240 |
49 |
314 |
|||
NY99 |
1999 |
K |
V |
V |
I |
I |
T |
M |
L |
R |
V |
E |
S |
A |
S |
K |
I |
V |
K |
|
1 | TX114 | 2002 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
TX1153 | 2003 | · | I | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
2 | v4369 | 2003 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
3 | TX1175 | 2003 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
4 | M37906 | 2009 | · | · | A | L | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · |
M38488 | 2009 | · | · | A | L | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · | |
M20140 | 2009 | · | · | A | L | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · | |
5 | TX7558 | 2008 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · |
TX6647 | 2007 | · | · | A | · | · | · | V | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | |
TX8349 | 2011 | · | · | A | · | · | · | · | F | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | |
M19433 | 2007 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | M | · | R | |
6 | TX 2002 1 | 2002 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · |
TX5810 | 2006 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · | |
7 | TX7827 | 2009 | · | I | A | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
TX8092 | 2010 | · | · | A | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
8 | TX1461 | 2003 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | D | · | · | · | · | · | · | · |
TX8599 | 2012 | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | D | · | · | · | · | · | · | · | |
9 | TX8559 | 2012 | · | · | A | · | · | I | · | F | · | · | · | T | · | I | · | · | · | · |
10 | TX6276 | 2006 | · | · | A | M | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · |
TX8589 | 2012 | · | · | A | · | · | · | · | · | K | · | · | · | · | · | · | M | · | · | |
TX8590 | 2012 | R | · | A | · | V | · | · | · | K | I | · | · | · | · | · | · | I | · | |
TX8551 | 2012 | R | · | A | · | V | · | · | · | K | I | · | · | · | · | R | · | I | · |
*G, group; C, capsid; prM, premembrane; E, envelope; NS, nonstructural. Amino acid changes are relative to the prototype NY99 strain AF196836. Substitutions characteristic of defined NA/WN02 and SW/WN03 genotypes are indicated in boldface. Dots indicate no change from the NY99 isolate.
†Indicated substitutions conserved in >1 representative isolate for each of the proposed phylogenetic groups (see Figure 1).
1These authors contributed equally to this article.