Volume 12, Number 4—April 2006
Research
Identifying Influenza Viruses with Resequencing Microarrays
Table 3
Nucleotide differences among hemagglutinin (HA) influenza virus genes identified by respiratory pathogen microarray (RPM) version 1
Position† | TN‡ | Mismatched nucleotides* |
|||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | ||
25 | T | C | |||||||||||
46 | T | A | |||||||||||
61 | A | T | |||||||||||
62§ | G | A | |||||||||||
88 | G | T | |||||||||||
189 | G | A | |||||||||||
208 | T | C | |||||||||||
233§ | G | A | |||||||||||
244 | G | A | |||||||||||
251§ | G | A | A | ||||||||||
262 | C | T | |||||||||||
274 | G | A | |||||||||||
293§ | A | G | |||||||||||
299 | G | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A |
313§ | G | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | |
351§ | A | G | G | G | |||||||||
352 | A | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C | ||
385 | C | T | |||||||||||
393§ | A | T | T | T | T | T | T | T | T | T | T | T | |
407 | T | C | |||||||||||
429§ | A | G | |||||||||||
434§ | A | G | G | ||||||||||
446§ | T | C | |||||||||||
466 | C | T | |||||||||||
469 | C | T | |||||||||||
473§ | G | A | |||||||||||
478 | T | A | A | ||||||||||
479§ | G | T | T | ||||||||||
483§ | G | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | |
493 | C | T | |||||||||||
511 | A | T | T | ||||||||||
559 | C | T | |||||||||||
564§ | A | G | |||||||||||
584§ | G | A | |||||||||||
571 | A | G | G | ||||||||||
593§ | G | A | A | A | A | A | A | A | A | A | |||
596§ | T | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C | |
602§ | A | C | |||||||||||
646 | T | C | |||||||||||
652 | T | A | |||||||||||
698§ | C | A | |||||||||||
734§ | C | T |
*Mismatched nucleotides obtained from comparison between the tiled probe sequence and the conventional sequence. Mismatched nucleotides identified by the RPM version 1 are shown in boldface. 1–12 represent 12 influenza A/H3N2 isolates. 1, A/Colorado/360/05; 2, A/Ecuador/1968/04; 3, A/Guam/362/05; 4, A/Iraq/34/05; 5, A/Italy/384/05; 6, A/Japan/1337/05; 7, A/Japan/1383/05; 8, A/Korea/298/05; 9, A/New York/278/04; 10, A/Peru/166/05; 11, A/Qatar/2039/05; 12, A/Turkey/2108/05.
†HA3 tiled prototype sequence nucleotide position.
‡Tiled nucleotide.
§Potential nonsynonymous mutation position.