Volume 22, Number 1—January 2016
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Variations in Spike Glycoprotein Gene of MERS-CoV, South Korea, 2015
Table 2
Genetic changes in spike glycoprotein gene sequences strain-specific variants of MERS-CoV from South Korea compared with those of other MERS-CoV isolates*
Virus isolate |
Nucleotide (amino acid) positions |
||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NTD | RBD | Other regions | |||||||
183 | 258 | 409 | 1586 | 1588 | 1848 | 1886 | 3177 | 3267 | |
(61) |
(86) |
(137) |
(529) |
(530) |
(616) |
(629) |
(1059) |
(1089) |
|
JX869059_HCoV-EMC_2012 | C (G) | T (V) | A (S) | T (I) | G (V) | T (V) | G (R) | T (D) | C (S) |
KR011266_KSA_Hu/Riyadh-KSA-2049/2015 | • | • | • | • | • | • | • | • | • |
KR011263_KSA_Hu/Riyadh-KSA-2345/2015 | • | • | • | • | • | • | • | • | • |
KR011264_KSA_Hu/Riyadh-KSA-2343/2015 | • | • | • | • | • | • | • | • | • |
KR011265_KSA_Hu/Riyadh-KSA-2466/2015 | • | • | • | • | • | • | • | • | • |
KT026453_KSA_Hu/Riyadh_KSA-2959_2015 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | • |
Riyadh_KKUH_0734_20150218 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | • |
Riyadh_KKUH_0756_20150223 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | |
Riyadh_KKUH_0780_20150225 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | • |
KT026454_KSA_Hu/Riyadh_KSA_4050_2015 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | • |
Riyadh_KKUH_0944_20150302 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | • |
Riyadh_KKUH_1066_20150303 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | • |
Riyadh_KKUH_1080_20150303 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | • |
Riyadh_KKUH_1145_20150304 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | • |
Riyadh_KKUH_1470_20150308 | • | C (V) | • | • | • | • | • | • | • |
MERS-CoV/KOR/KNIH/001_05_2015 [PAT001] | • | C (V) | • | C (T) | • | • | • | C (D) | C (S) |
MERS-CoV/KOR/KNIH/009_05_2015 [PAT009] | • | C (V) | • | • | • | C (V) | • | C (D) | C (S) |
ChinaGD01_2015 [PAT010]† | G (C) | C (V) | • | • | • | C (V) | • | C (D) | C (S) |
MERS-CoV/KOR/KNIH/012_05_2015 [PAT012] | • | C (V) | • | C (T) | • | C (V) | • | C (D) | C (S) |
MERS-CoV/KOR/KNIH/013_05_2015 [PAT013] | • | C (V) | • | C (T) | • | C (V) | • | C (D) | C (S) |
MERS-CoV/KOR/KNIH/015_05_2015 [PAT015] | • | C (V) | • | C (T) | • | C (V) | • | C (D) | C (S) |
MERS-CoV/KOR/KNIH/042_05_2015 [PAT042] | • | C (V) | • | C (T) | • | C (V) | A (H) | C (D) | T (S) |
MERS-CoV/KOR/KNIH/002_05_2015 [PAT002]‡ | • | C (V) | C (R) | • | C (L) | • | • | C (D) | T (S) |
*Alphanumeric codes in brackets indicate patient (PAT) number. Dots indicate no change in sequence identity. MERS-CoV, Middle East respiratory syndrome coronavirus; NTD, N-terminal domain; RBD, receptor-binding domain. Dots indicate sequence identity.
†MERS-CoV strain ChinaGD01 (KT006149).
‡Third-passage isolate from Vero cells.
1These authors contributed equally to this article.